Με οικογενειακή καταγωγή από τον Πόντο και την Καππαδοκία, ως παιδί ο Κυριάκος Καλαϊτζίδης περνούσε αρκετό από το χρόνο του πίσω από το ψαλτήρι. Ολοκλήρωσε τις σπουδές του στη βυζαντινή μουσική, πήρε πτυχίο ιεροψάλτου και δίπλωμα μουσικοδιδασκάλου, ενώ από τα 18 του χρόνια του άρχισε να ασχολείται συστηματικά με το ούτι. Το 2010 συμπεριελήφθη στην έκδοση «Τhe artworks of the most famous oud players in modern history», ο οποίος κυκλοφόρησε στα αραβικά από τη Συριακή Μουσική Ακαδημία και περιλαμβάνει έργα δώδεκα συνθετών- είναι ο μοναδικός από την Ελλάδα.
Ο Κυριάκος Καλαϊτζίδης θεωρείται ένας από τους σημαντικότερους μουσικούς της Μεσογείου. Είναι διδάκτορας Βυζαντινής Μουσικολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών και από το 1988 μέχρι σήμερα έχει αναδείξει πληθώρα μαθητών.
Από το 1988 αναπτύσσει ένα πολύμορφο έργο το οποίο εστιάζεται στην έρευνα, διδασκαλία και την καλλιτεχνική πράξη της μουσικής της καθ’ ημάς Ανατολής. Το 1993 ιδρύει το «Εν Χορδαίς», έναν φορέα μελέτης, διδασκαλίας και ανάδειξης των μουσικών παραδόσεων της Μεσογείου, που παρεμβαίνει στο μουσικό γίγνεσθαι με παραγωγές δίσκων, εκδόσεις βιβλίων και διοργάνωση συναυλιών. Ως Καλλιτεχνικός Διευθυντής του «Εν Χορδαίς» είναι υπεύθυνος για την ανάπτυξη του προγράμματος σπουδών, την μουσικολογική επιμέλεια εκδόσεων και την υλοποίηση ευρωπαϊκών έργων στο πλαίσιο διεθνών συνεργασιών (MediMuses, MORE, Cantnates des Rives, Εxtra!, και MELOS). Διετέλεσε καλλιτεχνικός διευθυντής του Ευρωπαϊκού έργου MediMuses (2002-2005) με ερευνητικές, εκπαιδευτικές και καλλιτεχνικές δράσεις σε ένδεκα χώρες της Μεσογείου (www.medimuses.gr), του Φεστιβάλ «Μουσικές του Κόσμου» Δήμου Θεσσαλονίκης (2012) και καλλιτεχνικός σύμβουλος του Rialto Ethnic Festival Λεμεσού (2011 – 2014).
Έχει δώσει διαλέξεις, σεμινάρια και έχει διδάξει σε εργαστήρια στα Πανεπιστήμια Princeton, Harvard, Ca’ Foscari (Βενετία), Τορίνο, Στρασβούργου και Guangdong (Κίνα), στα Κονσερβατουάρ της Κωνσταντινούπολης, του Αμμάν, της Βηρυτού και του Καΐρου, στη Sibelius Academy (Ελσίνκι), στην Μουσική Ακαδημία της Τύνιδας, στο Holy Cross College (Βοστώνη), στο New Orleans Center for Creative Arts, στο Kuwait Opera House, στην έδρα της Unesco (Παρίσι), και έχει συμμετάσχει με ανακοινώσεις σε διάφορα διεθνή συνέδρια. Κατά το χειμερινό εξάμηνο του 2015 ήταν επισκέπτης καθηγητής στο Yildirim Beyazit University (Άγκυρα).